藏语称“卓仓拉康果丹代”，亦称“卓仓多杰羌”，意为“乐都持金刚佛寺”，附近群众俗称“拉康囊”，意为“佛堂内”。位于曲坛乡所在地，南距县城约 17公里。瞿昙寺的开创僧三罗喇嘛，法名为桑杰扎西，《明史》作“桑儿加查实”，俗称海喇嘛，生于元末至正年间，明永乐十二年(1414)卒，系西藏洛扎县卓垅人，为噶玛噶举派僧侣。约在明初，三罗喇嘛游历来青海，曾长期住青海湖海心山静修，后移居乐都南山。明洪武二十二年(1389)，被朱元璋请到京城，尊为上师，并由明王朝拨款，于洪武二十五年(1392)建寺。翌年，朱元璋赐名“瞿昙寺”。

    瞿昙寺从初建到后来的扩建，都得到明王朝的大力扶植，明朝封三罗喇嘛为西宁僧纲司都纲，成为西宁卫的宗教首领。明王朝历代皇帝为瞿昙寺赐匾额、修佛堂、立碑记、封国师、赐印浩，以瞿昙寺为纽带，加强对河湟流域以及柴达木地区的统治。三罗喇嘛的家族成员定居瞿昙寺一带，世代为当地土官，该家族因来自卓垅，故称“卓仓”，  当地发音作“角仓”，后来又逐渐成为乐都南山地区的地名。又因三罗喇嘛与西藏如教噶举派祖师玛尔巴同族，故称其家族为“玛尔仓”，意为“玛尔家族”，当地音变为“梅氏家族”。梅氏家族直到解放前夕的瞿昙寺管家梅香曲，一直是当地的实权人物。瞿昙寺在清代前期仍受到中央王朝的重视，该寺出身于梅氏家族的班觉丹增，在康熙年间受封为“灌顶净觉弘济大国师”，其侄阿旺宗哲亦得到同样的封号。雍正元年，罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受到牵连，寺主阿旺宗哲在兰州被囚禁7年，所赐印诰收回。自此，瞿昙寺走向衰落。

    瞿昙寺原属噶举派寺院，明末格鲁派崛起后，改宗格鲁派，出现了智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个转世活佛系统，其活动中心转向塔尔寺，在塔尔寺建有噶日哇。其中，智合仓以该寺开创僧海喇嘛为第一世，成为该寺寺主。“智合”意为石岩，源白海喇嘛曾修炼于当地的官隆岩洞，故名，“智合仓”，亦称“智合木洛”。实际智合仓的转世系统始于班觉丹增。班觉丹增又名官却图多央增，清康熙年间出生于梅氏家族，受封为“灌顶净觉弘济大国师”二世罗桑丹贝尼玛(1744—1807)，凉州乃亥央人，曾于1793年任塔尔寺第三十六任法台；三世噶桑丹增嘉措(1810—1873，亦作罗桑旺秀噶桑嘉措)，凉州达城沟人，1851年任塔尔寺第五十六任法台；四世罗桑噶桑嘉措，1876年出生于乐都南山，1899年曾任塔尔寺第七十六任法台。1958年前，瞿昙寺保存有海喇嘛及从班觉丹增至罗桑噶桑嘉措历辈转世的灵塔。因其二、三世出生于凉州，故当地以他们的生地称之为“凉州佛”。又因该系统追认的第一世三罗喇嘛传说乘骑一头白牛，人称，“朗嘎哇”，故亦称瞿昙寺寺主智合仓活佛为“朗嘎哇”。卓仓曼巴仓源自一世智合仓班觉丹增之弟阿旺诺尔布。阿旺诺尔布亦住持过瞿昙寺，谢世后以贡塘活佛弟子罗桑贡却尼玛为其转世，曾任塔尔寺曼巴扎仓第十五任堪布，故称该转世系统为“曼巴仓”。卓仓居巴仓源自一世智合仓班觉丹增之侄阿旺宗哲。阿旺宗哲又名宗哲桑布，雍正年间曾被清朝在兰州拘禁7年，去世后以噶桑扎西嘉措为其转世。噶桑扎西嘉措，1779年生，曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布，1828年任塔尔寺第五十任法台，故称该转世系统为卓仓居巴仓。解放前夕，该寺三个活佛系统只剩下智合仓(凉州佛或朗嘎哇)和卓仓居巴仓(亦称居巴佛)两个活佛，其中末世智合仓为寺主，名仓成善。

    历史上瞿昙寺领属13寺，但13寺的全部情况缺乏详细记载。据《安多政教史》记载，清道光二十九年（1849)，瞿昙寺有属寺10座，即称作“卓仓贡扎什伦布”的药草台寺，瞿昙寺背侧的宗塔静房、杰拉静房、甲本静房，瞿昙寺正面的辛钦静房，瞿昙寺东面约900米处的尕楞桑珠林寺，  瞿昙寺上部沟脑的多杰扎玛静房、交头洞静房、角加静房，位于今中坝乡的普拉央宗寺。以上佛寺，除药草台寺和普拉央宗寺外，其余规模都不大，解放前夕多已消亡。药草台寺为瞿昙寺下院，是瞿昙寺僧人的主要学经处，普拉央宗寺则为主要静修地。

    瞿昙寺是乐都南山地区最大的寺院，是一座明代汉式宫廷建筑风格的古寺，整个寺院依山傍水，高低错落，气势宏伟。全寺共有三个院落，由山门、左右碑亭、金刚殿、瞿昙寺殿、宝光殿、隆国殿、护法殿、三世殿以及左右回廊、钟鼓楼等主要建筑组成。其中，瞿昙寺殿(建于明洪武二十六年)、宝光殿(建于明永乐十六年)、隆国殿(建于明宣德二年)为该寺主体建筑，共有瓦房27间，其它殿堂10座，共有瓦房、楼房、平房68间，长廊145间，昂欠3处，  一处为瞿昙寺昂房，计有楼房28间，平房22间，马棚8间，草房9间；一处为药草台寺昂房，计有楼房29间，马棚40间，草房6间，另吉哇昂有平房49间，总计430余间。全寺建筑共占地41.36亩，整个布局和殿堂的飞檐、斗拱、画栋、藻井等具有明代宫殿风格，寺内现存明代汉藏文对照御制碑，明清匾额十块、明宣德二年铸造的青铜巨钟一口、香炉三鼎、明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠、石雕米拉日巴像以及明清统治者所赐金印、象牙印、景泰蓝花瓶等许多珍贵文物。该寺厢廊壁画约400平方米，接洽纯熟，有敦煌壁画的艺术特色，其内容除反映佛陀本生、业绩等宗教题材外，也有反映历代皇帝扶植瞿昙寺和该寺上层人物进京的内容。解放后，瞿昙寺受到国家重点保护，除原来的僧舍19院197间减少为6院66间外，其它近400间殿堂建筑完好。明清时期，瞿昙寺管辖瞿昙寺沟、峰堆沟、马哈拉沟、高店沟、观音堂沟、双塔沟、虎狼沟等7条沟(当地称为’“海子”)。清初，当地有“七份佛差，三份县差”之说，即农民纳差十分，先给寺院七分，后给县府三分，可见寺院收民粮之多。清雍正年间，因罗卜藏丹津事件株连，清朝取消佛差，命“粮入大仓，民归县”。瞿昙寺遂购买附近土地近5000亩出租给农民，以其为主要生活来源。据统计资料，1954年，该寺公众占有水地38.5亩，山地37亩，私人占有山地19.7亩，早地8.5亩，合计水地38.55亩，山地56.7亩，早地8.5亩。另有树林9处，计29.7亩，成材树木3600棵，油房水磨各l座、马1匹、骡2头、牛3头、羊13只、猪4头。另外有黄金36两，白银5000两，白洋2190块，作为高利贷或经商资金。1958年时，土地达144.8亩(内私人土地40.5亩)，  马、牛共5l头（匹)。

    瞿昙寺僧人到明末时达500余人，到清末减至300余人，解放前夕60余人，1958年前夕只剩下18户34人（其中活佛凉州佛仓成善和居巴佛梅居巴2人，完德12人)。主要僧职人员除两名活佛外，还有管家梅根强、梅香曲。组织管理方面，梅凉州佛下设法台、僧官、经头各1入，均任期3年，主管宗教事务；另设众僧管家4人，任期1年，主管寺院行政事务。寺内设时轮学院。1958年后，瞿昙寺成为全省被保留的ll座喇嘛教寺院之一，“文革”期间关闭。1980年重新开放，现有住寺僧人7户10人(其中阿卡5人，完德5人)。金寺有树林40亩，牛23头，油房水磨各1座。