格鲁派具有代表性的寺院有拉萨三大寺(甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺)、日喀则的扎什伦布寺、青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺。拉萨三大寺是西藏最大的寺庙集团,也是西藏三大领主之一的寺庙主中最大的领主集团。三大寺是西藏政教合一的代表,也是宗教界的最高权力机构。
三大寺由“喇吉”、“扎仓”和“康村”三级管理机构组成。喇吉是全寺性的组织,扎仓是寺庙的中坚组织,康村是基层组织。喇吉的总领称“堪布赤巴”。
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