上密院藏语叫“居堆巴扎仓”，即续部经堂神学士院之意。系由济尊·喜饶森格之弟子杰·贡嘎顿珠于藏历第八绕迥的木猴年(公元1464年)在卫堆穷木达之地的塞哇隆山洞(今墨竹工卡县境内)修行密宗，因其地在拉萨上部，所以取名为上密院。后成为黄教密宗的主要寺院之一。

    据史料记载：杰.贡嘎顿珠于藏历第七绕迥的土猪年(公元1419年，也就是宗喀巴大师圆寂的那一年)，出生于后藏“乃宁”之地，幼年在那塘寺剃度出家，闻修了各种教法。后跟杰·衮顿珠巴修习《量释集论》经，此后游历前藏，在“哲蚌根培林”听杰·喜饶森格和堪钦白洛讲法，最后进入下密院修行密法。其46岁时也就是藏历第八绕迥的木猴年(公元1464年)，因与下密院堪布扎西坚赞不睦，遂带领六弟子和一些密宗法器、经典，来到卫堆穷木达内一色娃隆山洞开始研习密宗。次年与强孜贡噶扎西迁到强巴林寺修行。   

贡嘎顿珠来到“色娃隆”修行密宗时，开始只有六弟子，以后发展到32人，神像增加到32尊。其在传授密宗的同时，撰写了《宗喀巴大师传》和《济尊·喜饶森格大师传》，规定每年召集一次僧众大会。大约过了10年左右，堪布扎西坚赞升任为噶丹强孜曲杰后，迎请其来下密院任堪布，但他未去上任，继续留在强巴林寺传授密法。藏历第八绕迥的木蛇年(公元1485年)，拉萨吉曲河洪水泛滥，后请杰·贡嘎顿珠来吉曲河边进行祈祷活动，第二天，洪水下降，免除了一场大的灾难。当时的温萨·达隆巴为奖励其治水有功，故颁发封文执照，将小昭寺封赐给上密院，作为扎巴修行场所。藏历第十二绕迥的铁兔年(公元1711年)，藏王拉藏汗视上密院为宗喀巴黄教密宗的正宗寺院，在达隆巴封文的基础上，又颁发了将小昭寺、释迦牟尼像、拉章，所属经堂等等永远归属上密院的封文执照。藏历第八绕迥的火马年(公元1468年2月6日)贡嘎顿珠圆寂于强巴林寺，终年68岁。贡嘎顿珠圆寂后，留其心脏、舌头、脑骨，其余火焚，后将其心、舌装入一新制造的一肘长金佛像放在小昭寺内，脑骨放在直贡地方的“拉孜衮萨寺”内。其圆寂后，停止两年修行密宗。从公元1488年，复又在小昭寺修行密宗。

       小昭寺建于吐蕃时期，当时吐蕃赞普松赞干布迎请唐朝文成公主和尼泊尔墀尊公主以后，分别在拉萨建立了两所寺院，一所是大昭寺，为尼泊尔墀尊公主的住所，一所是小昭寺，为文成公主的住所，寺内并放有文成公主从内地带来的释迦牟尼佛像。小昭寺占地面积19.73亩。主厅三层，占地面积为2.27亩。主厅第一层为一大经堂，占地面只为1亩。后面有一佛塔，高30.7米。占地面积为0.2米。全寺房屋约50间左右。

    小昭寺在1711年改为上密院修行场所以后，在西藏社会上声誉更提高了一步。乾隆二十五年(公元1760年)，清乾隆帝御赐“耆阆真进”一匾额。说明了清朝皇帝对其评价是很高的，也是很重视的。

    上密院设有堪布一人，管理全寺院政、教两务，寺院内之一切重大事情亦归其管理。喇嘛乌孜一人，格贵一人，强佐六人。除强佐外其余均由拉萨三大寺内取得“格西拉然巴”学位的僧人来担任，都必须经过达赖或摄政的任免。任期与下密院同。

    上密院所属溪卡据不完全统计为36座，下属7个支寺，原有康村25个，后改编为5个，扎巴人数额定500人，但有时少至200人，多至1000人不等。因为上、下密院的僧人，不仅生活制度非常严格，而且修行程度也是很艰苦的，所以有的已考取格西学位的僧人来到这里报个名，便退学。上、下密院退学的僧人很多，可以随来随去，寺院本身不加以限制，所以僧众人数很不稳定。 

    上、下密院的经济来源主要依靠各种布施和本寺院所属庄园的供给，西藏地方政府规定免去其兵差及各种苛捐杂税，享有很高的待遇，是一个经济独立的寺院组织。其每年要在三大寺、布达拉宫、大昭寺、觉布隆、堆龙、穷木达、扎雅尔等处进行一次佛事活动。

    上、下密院名义上属于甘丹寺的密宗扎仓，但实际上、下密院与甘丹寺是平行的关系，是互不相属的。哲蚌、色拉二寺虽有密宗扎仓，但是上、下密院比它们的密宗扎仓高一级，所以三大寺的僧人只有在学习显宗完毕后，如欲继续学习密宗，才能进入这个密宗学院。

    上、下密院的僧人生活艰苦，制度严格，他们每天要上四堂殿，第一堂殿从半夜两点钟开始，无论寒暑都得赤足坐在用鹅卵石铺成的固定的位置上修炼，所以深受广大藏族人民的信仰和爱戴，在社会上享有很高的声誉。