下密院，藏语叫“居麦巴扎仓”，即续部经堂神学下院之意。系由黄教创始人宗喀巴弟子济尊。喜饶僧格创建于藏历第七绕迥的水牛年(公元1433年)，专门传习黄教密宗，是黄教密宗的主要寺院之一。

    下密院坐落在拉萨市内，总占地面积为10.6亩。主厅共四层，占地面积为3．04亩。主厅第一层为一大经堂，占地面积为0．75亩。房屋70余间左右。

    济尊·喜饶森格系宗喀巴最著名八大弟子中第七弟子。据史料记载：济尊·喜饶森格于藏历第六绕迥的水狗年(公元1382年)，出生在后藏古尔玛地方，父名丹巴玛布，母名曲古扎西，幼年进那塘寺，拜珠巴喜饶堪钦为师，闻修了各种教法，其中对香巴噶举教法造诣最深。于藏历第七绕迥的铁虎年(公元1410年)游历前藏，在色拉寺与宗喀巴大师相识，遂被收为弟子，听其讲授显密两法。藏历第七绕迥的土猪年(公元1419年)秋季，宗喀巴大师在色拉寺曲定扎仓召集僧众大会，讲授密法。在会上，宗喀巴大师对众弟子谕曰：“吾子密法孰能继承宏扬之?”谕三遍而无人敢答。此时，济尊·喜饶森格站起后曰：“大师之密法，弟子能继承发扬之。”宗喀巴大师甚悦，于是赐予各种密宗法器、经典等物，并渝其勤奋宏扬佛法，普济众生。喜饶森格遵照大师旨意，先在桑布通蒙扎仓(后叫那木饶达布扎仓)传授密宗。后于火马年(公元1426年)与根顿珠巴一起去后藏，在强钦那塘达那等处传授显宗五六年。喜饶森格从后藏返回拉萨后，于藏历的水牛年(公元1433年)创建了下密院。在藏历第七绕迥的木牛年，(公元1445年5月25日)圆寂于格丹居康，终年63岁。

    密宗又叫密教，也叫密乘或密修派。公元1世纪发源于印度的大乘佛教，大乘佛教又分显宗和密宗。显宗又叫显教，也叫显乘或显修派。显是用明显的教义来说明修正的途径，并通过这个途径来达到成佛的目的；密宗即是修习一种不能对外人说的密法，是所谓法身佛(大日如来即毗卢遮那佛，为密宗尊奉的最高神)，对自己眷属所说的奥秘大法都是用隐语、咒语秘密传授，藏语称为“桑俄”’又称“真言宗”“密咒”“金刚乘”。其最大特点就是以宗教活动的实践为主要内容，从彻底的信仰主义出发，通过念经、供养、作法、护摩等种种仪式活动，达到所谓解脱成佛。据一般史籍记载：密宗系公元八世纪由印度传人西藏的。当时的吐善赞普迎聘邬仗那(克什米尔)密教僧人莲花生大师人藏传法。当时，在桑耶寺设立了“真言州”即“密宗院”。莲花生大师在西藏住了若干年。给杰布和一些大臣们讲授了多种密宗经典。这些被后人称为旧密宗，藏语为“宁玛”。公元10世纪末，佛教在西藏复兴时，阿里的译师仁钦桑波，从印度将许多新密宗经典译为藏文，加以宏扬。从此在西藏历史上，对莲花生大师传扬的密宗称为“密宗宁玛”；对仁钦桑波译师传扬的密宗称为“密宗萨巴”即新密宗。所以可以看出，密宗最早存在于宁玛教派之中。

    公元8世纪密宗传入西藏后，由于密宗的传授是通过师徒秘密单传，所以在翻译经典、传承教法等方面，都受到一定程度的限制，信徒亦不多。朗达玛灭法时，主要是摧毁佛教寺院组织、经典，以及消灭它在吐善统治阶层中的政治势力和它在社会上的影响。所以密宗并未遭到像显宗所遭受的那种毁灭性的破坏，密宗仍在一些师徒、父子、兄弟、叔侄中相传而继承下来。有些密宗教徒将密宗经典埋藏起来，几百年后被人掘出进行传授，历史上将此称为“伏藏”。直到11世纪末，佛教在西藏复兴时，由阿里译师仁钦桑波翻译印度新密教经典后，密宗才正式大规模地传扬，并一直延续至今。

    佛教本身是禁欲主义者，不论是小乘或大乘显教都是不杀、不盗、不淫邪、不妄语四根本戒律。至于女性是被歧视的，妇女不能随便进入寺庙。但密宗却在传入西藏后的时期有些特别，它把女性作为修习密法不可缺少的条件和伴侣。公元14世纪末，宗喀巴依据噶当派的教义精神创立了格鲁派，他主张显密并重，由显入密，按部就班，次递修行，僧人严守戒律，崇尚苦行，显密两宗均禁止娶妻。上、下密院的僧侣来源有两种：一种是在入寺前已考取格西学位，他们是密宗的正宗僧人，称为“佐仁巴”；另一种是拉萨三大寺的僧人，或从其他黄教寺院来的僧人，他们虽学过显宗，但没有取得格西学位，称为“介仁巴”，相当于旁听生。凡三大寺取得格西学位的僧人，若有志在密宗方面进一步深造，就必须进入上、下密院研习密宗。因为获得格西学位的僧人经过考核鉴定，对显宗已有很深的造诣，可以转入修行密宗阶段。

       下密院设有堪布(也叫洛本)一人，任期3年5喇嘛孜一人，任期3年；强佐四人，任期4至5年；格贵(即铁棒喇嘛)一人，任期1年。以上僧官，均由译仓列空报请达赖或摄政任免。上、下密院之堪布均由色拉、甘丹、哲蚌三大寺之格西拉然巴来担任(但开始也有由扎仓内喇嘛乌孜继任堪布之俗，由众扎巴推选，达赖或摄政任命)。因为上、下密院之堪布均有升任甘丹池巴之资格。甘丹池巴之下，经常有两个候补人员，一是夏孜曲吉，一是强孜曲吉，如前一位任甘丹池巴是由夏孜曲吉提任的，那么下一任甘丹池巴就由强孜曲吉补升，如此轮流。夏孜曲吉升任甘丹池巴后，其遗缺又照例由上密院堪布继任。强孜曲吉升任甘丹池巴后，其遗缺照例由下密院继任。但是都必须经过达赖或摄政委任的手续。所以上、下密院在社会上的地位，仅次于色拉、甘丹、哲蚌三大寺，其堪布也能登上甘丹池巴的宝座，地位仅次于达赖、班禅。因此上、下密院之堪布必须由拉萨三大寺内获得“格西拉然巴”学位的喇嘛来担任。其职能是掌管本院之政教事务和扎仓内之重大事情。强佐(即管家)由三大寺内获得一般“格西”学位的喇嘛来担任，主要掌管扎仓内外经济收支，各曲溪(寺庙庄园)之收支亦须经过强佐批准，重大事情，须向堪布呈报。强佐遇有特殊情况，可延长一年，最长任期不得超过五年。喇嘛乌孜由三大寺内获得“格西拉然巴”学位的喇嘛担任，在堪布之下，管理扎仓内的扎巴念经、祈祷等佛事活动，并教授经典，代理堪布之职，行使教务权力。格贵，由三大寺内获得“格西拉然巴”学位的喇嘛担任，管理督查扎仓内之各种清规戒律，有权处罚寺院内任何扎巴。格贵下又设一强真，由堪布从获得一般“格西”学位之僧人或介仁巴中任命，主要负责管理扎巴生活，放茶、布施和去布达拉宫、三大寺、罗布林卡、大昭寺等处进行佛事活动。   

佐仁巴即获得“格西拉然巴”学位的僧人，进入上、下密院学经，先任该寺的格贵(也叫喇嘛格贵)，一年后升任喇嘛乌孜，三年后升任堪布，堪布期满后为“堪苏”，意为“卸任堪布”。待遇等甘丹寺强、夏二曲吉有缺额后升补。甘丹池巴规定任期七年，期满后由强、夏二曲吉升补，甘丹池巴期满后为“甘丹池苏”，意为“卸任甘丹池巴”。一个学经的僧人，凭着自己的学问升级，即使是在一帆风顺的情况下，升到甘丹池巴也要五十年的时间，许多僧人往往还没有登上这个宝座，在升级的过程中就一命呜呼了。介仁巴进入下密院学经，由于他们没有取得格西学位，虽然学过显宗，但是造诣不深，所以在上、下密院的地位是很低下的，他们最多可升任为“强真”，相当于“格贵”，主要是管理和带领扎巴念经等佛事活动。

    下密院额定有扎巴500人(但有时少至230人，多至1000人)，所属溪卡28个，下属小寺6座，康村5个。